Dot Blot Analyse
Il y a deux méthodes intégrées pour l'analyse d'un transfert de type de point dans ImageJ. Le premier consiste à traiter chaque rangée comme un « couloir » horizontal et en utilisant la fonction d'analyse de gel de ImageJ. La seconde consiste à soustraire l'arrière-plan et mesurer la densité intégrée de chaque point.
Cette image dot blot est disponible dans le menu Exemples Fichier / Ouvrir dans 1.33s ImageJ ou plus tard.
Figure 2. parcelles de profil.
C'est ce que vous obtenez lorsque vous traitez chaque ligne de la dot blot comme une « voie » horizontale et utiliser la procédure d'analyse de gel dans le manuel ImageJ. Les nombres sur chaque pic sont de la taille du point correspondant en tant que pourcentage de la taille totale de tous les points. « Peaks » Inverser dans la boîte de dialogue Analyse / Gels / Analyzer Gel options a été activé pour éviter d'avoir des pics à l'envers.
Figure 3. Profil des parcelles de première ligne.
Dans la deuxième méthode, on mesure la densité intégrée de chaque point en décrivant et en utilisant la commande Analyser / Mesure. Cette méthode nécessite généralement une correction de fond de l'image, ce qui peut être fait à l'aide du processus / Soustraire commande Arrière-plan. La figure 3 contient des parcelles profil (Analyse / parcelle Profile) de la première rangée de points avant et après correction de fond a été effectuée en utilisant la commande d'arrière-plan Soustraire avec le rayon de la bille de roulement fixé à 25 pixels.
Après avoir corrigé l'arrière-plan, activez « Densité intégrée » dans Analyse / Set mesures. créer une sélection circulaire, le faire glisser sur le premier point, appuyez sur « m » (Analyse / mesure), puis répéter pour les autres 27 points. Remarquez comment l'image a maintenant un fond noir? Il a été inversé (Edit / Invert) de sorte valeurs de pixel d'arrière-plan sont proches de zéro, ce qui est nécessaire pour le calcul correct de la densité intégrée. Vous pouvez inverser la table de recherche (image / Lookup Tables / Inverser LUT) pour restaurer l'apparence originale de l'image. L'option « Utiliser Inverting table de recherche » dans Edition / Options / image va inverser les données de pixels et inverser la table de consultation.
Figure 5. Les résultats obtenus avec des parcelles (A) et la densité intégré (B).
La première colonne de cette feuille de calcul contient les densités intégrés (en tant que pourcentage du total) des 28 points de mesure en utilisant la procédure d'analyse de gel à rsb.info.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html#gels. Le second contient les résultats obtenus en effectuant une correction de fond à l'aide du procédé / Fond Soustraire. sélectionner « Densité intégrée » dans Analyse / Set mesures. puis la mesure de chacun des 28 points en utilisant une sélection circulaire.